潍坊职业学院微生物研究所（以下简称微生物所），以食品病原微生物、农业应用微生物为研究领域，主要致力于有关食品安全的病原微生物、绿色农用生物制品、生物环保、生物资源保护与开发利用等方面，开展基础性、应用基础性以及开发性研究。
       食品病原微生物可以导致人类严重的，有时甚至是致命的疾病。包括推测食品中是否存在肠道致病菌污染可能性的大肠菌群，引起人类化脓感染的金黄色葡萄球菌，引起沙门氏胃肠炎、伤寒、非伤寒型沙门氏菌败血症的沙门氏菌，引起细菌性痢疾的志贺氏菌，引起腹泻造成空肠、回肠和大肠组织损伤的空肠弯曲杆菌，引起胃肠炎和食物中毒的产气荚膜梭菌，产生神经麻痹毒素的肉毒梭菌，引起急性胃肠炎型食物中毒的小肠结肠炎耶尔森氏菌，产生肠毒素引起食物中毒的蜡样芽孢杆菌，产生米酵菌酸毒素引起发酵米面及变质银耳造成食物中毒的椰毒假单胞菌酵米面亚种，引起尿路感染、化脓性腹部感染、败血症、心内膜炎和腹泻发烧等的粪链球菌，造成新生儿、孕妇、免疫缺陷患者呼吸急促、呕吐、出血性皮疹、化脓性结膜炎、发热、抽搐、昏迷、自然流产、脑膜炎、败血症直至死亡的单核细胞增生李斯特氏菌等。微生物所将对这些食品病原微生物进行准确的检测，为维护人类的健康做积极地贡献。
       生物肥料按其制品中特定的微生物种类可分为细菌肥料、放线菌肥料、真菌类肥料。微生物所将致力于解钾细菌肥料的研制，筛选具有较强解钾能力的硅酸盐细菌菌种。放线菌中的大多数为人类的健康立下了不朽的功勋，许多抗菌素，如头孢拉定、链霉素、金霉素、土霉素、庆大霉素、春雷霉素、四环素、红霉素和卡那霉素等都是放线菌的发酵产品，我们也会努力筛选适用于农业生产的放线菌种，制备放线菌肥料。光合细菌菌体蛋白营养价值极高，作为饲料添加剂饲喂畜禽类，在水产养殖方面效果更为突出，我们将致力于光合细菌的筛选以及光合细菌肥料的研制。
       生物农药一般是指用生物活体（菌丝体、伴孢晶体、昆虫病毒等）防治病虫害的药剂，具有无残留、无公害、不污染环境、专一性作用于靶标有害生物等优点。目前国内外公认应用最多的有细菌性生物杀虫剂，如苏云金芽孢杆菌（Bt）用于防治鳞翅目害虫；真菌性生物杀虫剂如白僵菌可侵染多种鳞翅目幼虫；抗生素类如阿维菌素以及其换代产品伊维菌素和甲胺基阿维菌素苯甲酸盐；昆虫病毒如核型多角体病毒防除棉铃虫等。微生物所将致力于多种生物农药的研制以及菌种的筛选。
       目前，微生物所已经筛选到了部分菌种如乳酸菌、苏云金芽孢杆菌、酵母菌、硅酸盐细菌、放线菌、固氮放线菌等，正进行更深入的研究。
       微生物所的研发人员经过多年的努力，发表相关论文《灰树花液体深层发酵动力学模型研究》、《常见担子菌发酵的类型和影响因素》、《金针菇液体发酵条件初探》、《VA菌根与植物矿质营养的研究进展》、《山药炭疽病研究——Ⅱ病原菌的生物学特性》、《雅安周公山土壤苏云金芽孢杆菌菌株资源的筛选和初步鉴定》、《四川盆地生态区苏云金芽胞杆菌cry基因的鉴定及新型模式cry基因的克隆》、《苏云金芽胞杆菌Rpp39杀虫晶体蛋白基因的鉴定及cry2Aa12基因的克隆表达》、《Cloning and expression of cry1Ac20 gene from Bacillus thuringiensis strain Rpp02》、《生防细菌LM-3的鉴定及其抗菌蛋白的研究》、《不同处理方式对稻瘟病菌丝致畸作用的比较》、《一种新的几丁质酶产生菌F_2的筛选与鉴定初报》、《生防细菌LM-3对水稻的促生性和诱导抗性研究》、《抑制真菌病害几丁质酶产生菌的筛选、鉴定》、《一株对鳞翅目高毒力的苏云金芽孢杆菌亚种的分离与鉴定》、《水稻优势内生细菌鉴定、定位与重组研究》、《黄瓜枯萎病新型抑制蛋白L37的研究》、《四川省不同寄主立枯丝核菌的遗传分化和致病力研究》、《烬灰吸水链霉菌突变体的诱导研究》、《抗稻瘟病拮抗菌D-2的鉴定及其活性代谢物的研究》、《黄瓜根际镰刀菌的分离及初步鉴定》、《广谱抗病虫几丁质酶产生菌X2-23的筛选与鉴定》、《稻纹枯病菌强拮抗菌B34的分离与鉴定》等多篇。
       潍坊职业学院微生物研究所所长韩磊，副所长郑爱萍将与广大的食品病原微生物分析检测同仁以及致力于生物肥料和生物农药研究与开发利用的同行精诚合作，充分发挥大型仪器设备的“资源共享”作用，竭诚为社会提供高质量的分析检测服务，共同探讨对微生物趋利避害的方法与技术，为潍坊职业学院教学科研水平的更快提高，为山东地方经济建设、人类健康和农业产业的又好又快发展，作出我们的共同努力和应有贡献！